CSG Willem van Oranje is georganiseerd in drie afdelingen:

• De onderbouw (bavo) omvat de tweejarige havo/vwo- en vwo-brugklas, havo 3 en vwo 3. Ook de tto-klassen in de onderbouw maken deel uit van deze afdeling.
• De bovenbouw omvat havo 4 en 5 en vwo 4, 5 en 6. Dit heet de Tweede Fase en is de afdeling waarin leerlingen hun havo- of vwo-opleiding afronden met een diploma. In deze Tweede Fase kiezen de leerlingen een profiel. Dit zijn: Cultuur en Maatschappij (C&M), Economie en Maatschappij (E&M), Natuur en Techniek (N&T) of Natuur en Gezondheid (N&G).
• De mavo heeft vier leerjaren en biedt de theoretische leerweg van het voorbereidend middelbaar beroepsonderwijs (vmbo). Brugklasleerlingen met een mavo- of een mavo/havo-advies beginnen in de tweejarige brugklas op locatie Poortwijk.